Program S1 dilaksanakan secara reguler (kelas pagi) dan juga ekstensi (kelas malam). Program studi yang ada di STTJ adalah:

1. Prodi Teologi (S1) dengan Konsentrasi Ilmu Teologi
   Prodi ini mendapat akreditasi dari BAN PT di mana program ini bertujuan untuk mencetak pemimpin menjadi gembala, penanam gereja, dan rohaniwan pada lembaga-lembaga pelayanan lainnya. Gelar yang diberikan kepada penamat adalah Sarjana Theologi (S.Th).
2. Prodi Teologi dengan Konsentrasi Musik Gerejawi (S1)
   Prodi ini berada dalam naungan Prodi Teologi, di mana tujuannya untuk menghasilkan pemusik-pemusik gereja yang ahli dan terampil serta memiliki fondasi teologi yang kokoh. Gelar yang diberikan kepada penamat adalah Sarjana Theologi Kons. Musik Gerejawi (S.Th.).
3. Prodi Pendidikan Agama Kristen
   Prodi ini mendapatkan izin penyelenggaraan dari Ditjen Bimas Kristen Kemenag RI yang bertujuan menghasilkan lulusan yang akan menjadi guru agama dan juga pembina di gereja dalam pembinaan warga jemaat. Gelar yang diberikan kepada mereka yang tamat adalah
   S.PdK (Sarjana Pendidikan Kristen).
4. Prodi PAK dengan Konsentrasi Pendidikan Anak dan Remaja (PAR)
   Prodi PAK juga menaungi konsentrasi Pendidikan Anak dan Remaja, di mana tujuannya menghasilkan pelayan khusus di bidang anak dan remaja yang akan ditempatkan dalam berbagai bentuk pelayanan anak baik di dalam gereja maupun lembaga-lembaga pelayanan anak dan remaja. Gelar yang diberikan kepada mereka yang tamat adalah S.PdK Kons. Anak dan Remaja (Sarjana Pendidikan Kristen).
5. Akreditasi BAN PT untuk Prodi Teologi Kristen No. 483/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2014 dan Akreditasi BAN PT untuk Prodi Pendidikan Agama Kristen No. 211/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2014.